Zwrot podatku nie zawsze dokonywany jest właściwie przez urząd skarbowy. Zdarza się tak, że po przeprowadzeniu postępowania wyjaśniającego, urząd zapomina o wypłacie należnych odsetek. Opóźniony zwrot podatku może stać się przyczyną składanych odwołań. Podatnik może bowiem ubiegać się o wypłacenie mu należnego oprocentowania z tytułu opóźnionego zwrotu podatku.

Bezpośredni zwrot podatku podatnik otrzymuje na swój rachunek bankowy, w banku mającym siedzibę w kraju, który został wskazany zgłoszeniem identyfikacyjnym. Urząd ma wtedy sześćdziesiąt dni na przelanie zwrotu podatku.

Jeżeli wniosek podatnika został odpowiednio umotywowany, obowiązkiem urzędu jest oddać zwrot podatku w przyspieszonym terminie. Przyspieszony zwrot podatku (tj. w terminie 25 dni zamiast w terminie 60 dni lub w terminie 60 dni zamiast w terminie 180 dni) jest możliwy po spełnieniu przez podatnika określonych przesłanek.

W momencie gdy uzasadnienie złożone przez podatnika wymaga dodatkowego sprawdzenia, urząd może przedłużyć termin zwrotu podatku do czasu zakończenia postępowania wyjaśniającego. W przypadku kiedy zasadność wyjaśnienia zostanie przyjęta, urząd oddaje podatnikowi należny zwrot podatku wraz z odsetkami.